却说李渊当晚与太子建成商定封赏功臣之事，次日上朝，便聚众大赏破夏灭郑的有功之臣。首先是加秦王为司徒、陕东道行台尚书令，赐黄金万两、绢帛万匹，并道：“我儿之功，自古未有，以往之官爵无以赏功，朕为我儿特置天策上将之职，位在诸王之上，令我儿开府治事，助为父管理朝政。”
第二位受赏的是封德懿，加左仆射、道国公并兼任天策府司马，道：“此番东征，众人皆以为不可行，唯二郎与卿以为当行。朕赏卿定策之功也。”
第三位受赏的竟是秦琼，特加秦琼为左武卫大将军、翼国公，赏黄金百斤，绢帛六千匹。道：“非卿披坚执锐，首陷敌阵，秦王何以破建德！”
然后，加李元吉为司空之职，加左仆射裴寂为太子太师，仍参理朝政。加屈突通山东行台左仆射、蒋国公，仍留镇洛阳。加李世积左武侯大将军，舒国公，兼河北行台兵部尚书，助李神通镇河北。又加程知节宿国公，房玄龄临淄侯，杜如晦建平县男，薛收汾阴县男，长孙无忌上党县公，尉迟敬德为秦王府左二护军，段志玄右二护军。李道玄晋爵淮阳王，李道宗加爵略阳郡公，其他将佐皆有封赏。此外，杜如晦、李道玄、李道宗、程知节、张公谨等三十余人并调离秦王府，助李神通与屈突通守河北、河南诸城。
众人见李渊如此封赏，无不面面相觑。他人倒也罢了，这敬德与志玄，功劳至少不逊于秦琼，却既未获封爵，也未受到超过他人的赏赐，不免为二人不平。而房、杜、薛收功在长孙无忌之上，所获封爵却都不及他，这显然是极不公平。这就不能不让人怀疑这是秦王偏袒自己的内兄，在皇上面前为他讨了人情。更令人诧异的是，除了房玄龄、薛收、长孙无忌、敬德和段志玄之外，其他秦王府重要僚佐竟然都被调离了秦王府。这一切都让人迷惑不解。但是，一些深通官场奥秘的聪明人却心中明白：皇上已经开始猜忌并打压秦王，且有意离间秦王与王府僚属的关系了。其实，李渊和李建成本想将房玄龄、薛收、敬德与段志玄也调离秦王府，但他们也清楚，如果真这样做，必定引发秦王的强烈不满。如今毕竟天下尚未一统，他们还不想让秦王太过寒心，还得给秦王留些颜面。
赏罢功臣，又开始处置降俘。李渊广降浩荡皇恩，除窦建德与王世充一族外，可用者因才委任，其余一律赦免其罪。尤其是夏国的裴矩、齐善行、虞世南、郑国的杜淹等更被授以要职。
最后又将王世充招入殿内，责其弑君谋逆及抗拒唐军之罪。王世充叩头请罪后，又道：“臣虽罪不容诛，然臣降之前，秦王已许臣不死。”
李渊沉思片刻，道：“当赦尔以全我儿之信。”
于是降诏赦免王世充为庶人，王氏一族，全部流放蜀地。后来在流放途中，王世充却被独孤修德所害。李渊闻讯，降诏免去独孤修德一切官职。随后王氏一族也因“谋反”，全部被处死。这都是后话，暂且不提。
却说李渊令人押下王世充后，便直接传旨将窦建德与孟海公一并斩首。群臣闻言，不觉错愕。王世充罪不容诛，尚且被恕罪不死，而窦建德素有仁义之名，颇得天下人心，却被处死，这使得有些人大惑不解。这时，萧瑀出列谏道：“建德之罪，远轻于王世充，且建德颇具人望，今陛下免世充之罪而诛建德，恐难服人心。且淮安王被擒之日，颇受建德礼敬，而陛下擒建德即诛之，恐有失仁恕之道。臣恐建德旧部人心不安，天下复乱矣！”
李渊道：“卿之所言虽有道理，然朕兴师伐郑，而窦建德竟逆天助虐，自来求死。此天亡之也。逆天不祥，不可不除。”
殿内众人闻言，都不敢再谏阻了。
刑场上，围观者人山人海，压肩叠背。此时，窦建德、孟海公已被押上断头台，就在即将行刑之际，窦建德忽抬头高声喊道：“李渊、李世民，皆是假仁无信之徒。孤家一向以仁义待天下人，擒李神通，待如上宾。今唐擒孤家，即行诛戮，当真恩将仇报，猪狗不如。唐若不亡，便是苍天无眼，孔孟欺人。”
话音未落，刽子手早已手起刀落，窦建德登时人头落地，一腔热血溅洒一地。恰在此时，忽听空中一声炸雷劈下，正好劈在刽子手身上，那刽子手登时满身焦糊，倒地身亡。方才还是烈日炎炎晴朗朗的天空霎时间阴暗如晦，继而大雨倾盆，闷雷阵阵，当真是如泣如述，让人内心顿感凄惨欲哭。围观者眼见大雨落下，忙乱纷纷奔回家中，一时间你推我搡，收脚不住，竟有被踩踏而死者。在这人群之中有一奇人，姓袁，名天罡，上知天文，下知地理，尤其是打卦占卜之术，更是天下第一。见此情景，不觉喟然长叹：“此乃‘天哭’之象也。窦建德，天下之仁者也，杀仁不祥。唐朝国祚恐不久矣！只可惜百姓又遭涂炭。想我中原百姓端的命苦，何日才能坐享太平？”回到家中后，袁天罡又认真打了一卦，随即却发出“咦”的一声。又审视多时，方才了然道：“看来唐有圣主，能恩育百姓，其功德可压下此灾，且其曾放过一仁者，故唐得以不亡矣！然唐朝必始祖减禄，二祖减寿，且终唐之世，必治少乱多。天理昭昭，非人力所能抗也！”
其后，民间传言：李渊本该做十八年的皇帝，秦王本该有六十一年的寿命。但但后来却因为玄武门之变，李渊提前九年禅位于秦王，少坐了九年皇位，秦王虽提前九年即位，但禄运却未改，因而寿命减了九年。且大唐二百八十九年的国运，本该强盛无比，但事实上却是前半段内讧不断，接连发生了玄武门之变、武韦之乱，后又经安史之乱，历代皇帝只能在宦官手下做傀儡，纵然有英主出世，却每到关键时刻，必定横生枝节，无法使国势复振。凡此种种，皆因杀窦建德所致。此虽民间传言，不足采信，但由此也足见人心民意如何了。李渊、秦王都不愧为一世英主，却因冤杀仁者窦建德，而险些失了民心，将三百年基业化为乌有。故后人为此事作诗一首：
自古良政属唐宗，天下黎庶沐仁风。只因冤杀窦建德，三百王业几成空。
却说秦王退朝回到王府，内心好不烦闷。这一次父皇大赏功臣，自己虽立了大功，还得了天策上将这一古来未有的官职，但秦王府心腹僚佐却被大部分调离了身边，这让他清楚地意识到，父皇已经开始猜忌自己了。他为此感到莫名的彷徨。好在房玄龄、长孙无忌、薛收与敬德、段志玄还留在了身边，还让他感到几分安慰。于是，他将五人召到王府商议：“今天下虽然粗定，但父皇既诛了窦建德，只怕山东河北人心不安。父皇却将府中文武调离，一旦天下有事，世民何以统军定祸乱？故此世民欲请父皇收回成命，将这些精英之才仍留在身边，如何？”
敬德、志玄闻言道：“理应如此。”
长孙无忌却道：“皇上所以如此，只怕另有深意。殿下若贸然请留众人，只怕皇上更生疑虑之心。此非殿下之褔也。”
薛收道：“依臣之见，河北山东不久必乱，朝廷必当再派殿下出征，那时再招众人回王府不迟。”
房玄龄道：“无忌、伯褒所言极是。只是他人自可暂令离去，至于如晦，乃天下奇才，需助殿下决断大事，不可令其离殿下左右。”
秦王道：“玄龄所言极是。”
这时，房玄龄又呶了呶嘴，却欲言又止。秦王知道他还有话不必当众明讲，便在诸事商定众人将要离去时道：“玄龄且留下，我与你还有话讲。”
待众人退下后，秦王对玄龄道：“众人已离去，你有话只管讲来。”
房玄龄道：“今日诛窦建德，忽晴空大雨，此乃天哭之象也，民间必有谣传，皇上当与殿下等商议对策。殿下即可向皇上献上二计：一是减免天下租赋以收人心，二是殿下需辞去兵权。皇上闻计，必喜而从之。臣料窦建德余部不久必复作乱山东，非殿下无人能定。届时皇上还需请殿下复出，重掌兵权。如此，则殿下威名更盛，皇上也不便再……”话到此处，房玄龄略顿了顿，“此乃以退为进之计也。”
秦王连连点头，却一言未发，只是用力地握了握玄龄的手。
次日，市井之上果然到处传言，上苍现天哭之象，唐朝不久将亡。李渊闻言暗惊，忙招聚群臣商议。秦王便出班奏道：“天哭之象，实因儿臣此番出征杀伤太重，故儿臣请辞去军职，以应天谴。另请父皇早降天恩，减天下租赋，以结人心。天者，人心也。只要人心向唐，何愁苍天不佑。”
李渊闻言，大喜过望。减租赋收拢人心固然有理，但秦王因而辞去军权，这更是正中他下怀。当下极口夸赞秦王。秦王乘着父皇高兴，便又请求允许杜如晦继续留在秦府与自己讨论文学。李渊早料到秦王会提出此类请求，此时正是高兴之际，又见秦王只求留下杜如晦一人，自然满口应承。于是降旨：减境内当年租赋三分之一，夏、郑新附地区免租赋二年。
消弭谣传的最佳方法就是制造更重大、更贴近百姓生活的新闻。百姓听说要减少今年租赋，无不欣喜若狂、奔走相告，还有几人肯去管天哭不天哭了。于是人心很快便安定了下来。
却说秦王辞去军务，便开招贤馆招纳四方文学之士，以示闲暇。一时之间，文学之士云集，其中最着名的十八人：房玄龄、杜如晦、薛收、虞世南、褚亮、姚思廉、李玄道、蔡允恭、薛元敬、颜相时、苏勖、于志宁、苏世长、李守素、陆德明、孔颖达、许敬宗。都是名震一时的人物，号十八学士。秦王在闲暇之时，与这些人一同吟诗作赋，宴饮畅谈。朝野上下见秦王如此，以为秦王是谦恭避权，因此都赞秦王识大体，顾大局，一心为国为民。李渊与太子见秦王如此，自然心中欢喜。
却说这一日，忽有山南行台左仆射李孝恭来献平梁十策。其大意是如今萧梁内讧不断，人心离散，又将军队放散各地屯田，王都江陵仅留戍卫兵马万余人。若发大军伐之，必能成功。李渊闻言大喜，便独与建成议道：“萧铣不比北方群雄，薛、刘、王、窦俱是以自身勇略割据一方，唯萧铣不过凭借贵族虚名僭称帝号。且孝恭在山南经略已久，知其虚实，所言自当不虚。今二郎虽辞去兵权，然其威名太盛，此于你极为不利。我儿亦需建树功名，以收人望。为父欲令我儿统兵讨萧铣以建勋劳如何？”
建成大喜：“儿臣愿往。”
回到太子府，建成又召来魏征、王珪商议。王珪道：“殿下此行，必能扫平伪梁，建立奇功。”
魏征又献计道：“此番南征，殿下可请求皇上，将秦王心腹爱将调归殿下麾下。届时，察其可用者，便收归属下；不可用者，以计除之。秦王羽翼既尽，太子可无忧矣！”
建成大喜：“此辈多是国家爪牙，除之可惜，当收而用之。”
于是，李建成奏明李渊，将刚调离秦府的秦琼、程知节、张公谨、李道宗、李道玄等一干虎将均调回长安，并从各地征集军马准备南征萧梁。可正当李建成紧锣密鼓备战之际，却从铭州传来消息：窦建德旧部刘黑闼起兵作乱，已攻占贝州漳南县城。李渊闻言再次召集群臣商议对策，秦王又建议道：“窦建德麾下极为凶悍，武牢一战，儿臣侥幸擒得建德，方能破贼。然其猛将尚多在，不可小觑。当速统军讨伐，若不早除，必余烬复燃，成心腹大患。”
建成却不以为然：“秦王言之太过矣！伪梁僭号称帝，窃据江陵，为祸江淮，此方为心腹之患。刘黑闼辈不过亡贼余孽，何足挂齿。今可令人统兵统五千，前往铭州平叛，再增兵二万于洛阳，一则可随时增援铭州，二则可防洛阳生变。儿臣可率军讨萧铣。”
李渊觉得建成之计可行，但也担心秦王所言成为现实。因此立即派出五千军马援助李神通，二万兵马增援洛阳。但集结到关中的兵马暂缓出发，以防刘黑闼果然坐大。
原来，齐善行归唐后，夏军众将各自归乡。这些将领有素日和睦者，便相聚一处。这伙人人多势众，而地方官吏又对他们不无歧视，因此时而发泄，或聚众斗殴，或恃众欺寡，乃至与官吏纷争，生出许多事来。得知唐朝诛杀窦建德后，这伙人更是无不愤懑，又做出更多非法勾当。郡县官府不敢擅做主张，便报知朝廷，当时群臣以为当加以严惩，李建成又建议将夏国重要将领传送长安，以免他们再次作乱。李渊便采纳了建成的建议，诏令山东行台送原夏国将佐至长安。