停留在船中的日子里，札几乎每天都与长着怪貌的医师见面交流。那实际上并没有多少天，可是札却觉得极其漫长。几乎每一刻他都在接触些完全陌生的、没法用他的认知来解释的事物。
医师并不向他桩桩件件地说明。更多的时候，札感到医师甚至不是在向他说明，而只是一种不着边际的漫谈。将不着边际和医师放在一起是奇怪的，因为即便是成为了这样一个怪诞畸形的人，医师看起来仍然和过去很像。在那远离人群的斗室中，他进行着常人无法想象的秘密研究。即便不知晓这件事，光是从他平日里的举止和神态，便能知道他是个长久专注于自身工作，并且有着强韧意志力的人。
但是他乐于让札待在身边，就像一个老师对待学生。如果札向他提问，他必然予以说明。而即便是札没问的那些事，他也斟酌着告知。
札所提出的第一个，无关于家人安危的问题，正是医师的死与重生。他亲手举行了葬礼，尸体确是医师的，这也毫无疑问。医师是如何又以另一张面孔出现在他眼前？
医师简洁而平淡地回答了这个问题。生命的躯壳，他指出，不过是种较为复杂的机械。它和任何其他机械一样可以被更换。手脚与躯干自不必说，甚至连头部也并非必要的。既非必要，也并不限定只能拥有一个。就像一个人能够同时操作两台机器，一个思维也能同时操作两个躯体。那在理论上没有什么过多的疑难，但是实施中必须恰到好处，因此那必须是一种非常精密的思维，而这又取决于它的原始形成过程。简而言之，思维的模式受限于最初的蓝图，而人们对蓝图的了解至今都是很有限的，只能说是些摸索中的模仿者。
这些话对札来说是离奇的。但他了解机器，也能勉强想象医师所描述的画面。尽管那也许和事实详情相去甚远，他了解到医师可以像更换机械零件那样更换身躯。这个过程不需要用到上一具身体的任何组织，甚至可以隔着相当的距离。医师也可以随意地改变他自己的外形，就像给机器刷上一层涂料。尽管札不曾亲眼看到过程，他并不怀疑医师所说的这些话，因为他的手脚此时都好好长在身上了。
但是，医师同时也向他透露，这种能力并不是十分特别的。事实上搜集者们的头领，也就是那个被他谋杀了的人也能够做到。那被杀者还有众多的同伴，拥有丰富的关于身体改造的知识。如果要把黑天视为一种真实的存在，那就是他们，以及由他们所塑造的过去。
这又是种奇特的解释。札不明白医师何以这样形容，因为黑天是一样切实存在的事物，就和脚下的大地，或是一块石头同样真实。它就在他们头顶。一片永恒而充满怒声的黑暗。它就在他们眼前。不是过去，而是现在。任何阴魂都可能隐藏其中，但却永远也不能将之填满。这是从过去到现在的人们一直亲眼所见的，绝无虚假。
是的，你们亲眼所见。医师回答。那涉及到一个更为庞大的深层命题，在他的故乡，那被称为“基础层问题”。
他没有再解释这个词，这需要用三个词汇串联起来的，札从来也没听说过的陌生名词。但那却是他首次提及自己的故乡。札忍不住抓住这个机会向他打听，因为他难以想象医师是从什么样的地方来的。
当他提起那个问题时，医师短暂地，如同回忆往事般陷入沉默。后来他还是简单地向札描述了那个地方。那描述是如此的奇异，以至于很多年后札依然能能记得纹丝不差。
那是一个同样被寒霜覆盖的地方。医师告诉他。但是大地是无光而死寂的。林立着同样漆黑的、完全封死的高塔。那些高塔没有任何窗户，因为在过去，任何与外部的接触都可能导致全体成员的毁灭。
自然，所有的成员都在这些互相连通的塔内生存。他们不像札那样靠父母而诞生，而是仿造着前任中的优秀者制造出来。但那也并非完全的模仿，而会在每一个个体中都加入计划性的调整，使他们产生思维与能力的偏差。那既是代际传承，也是优化测试。
若用札所能习惯的那种方式理解，医师又指出，塔内生存的所有成员都是亲人。他们可以被视为一个很大的家族。但是后出生的人未必要听从先出生的，占据着更重要职位的也并非事事都能决定。他们由塔——塔本身便是一个庞大而非常聪明的机械——来评估分数与能力，还要结合负责教育工作的那个人的判断，最后决定每个人担任什么样的职务。每个人都会有至少一项职务，而且也都是至关重要的，需要长期思考与钻研的。关于那些繁重而单调的劳动，譬如建筑的清洁与维修、资源的收集开采、食物与其他身躯维护品的合成，全部都是由事先设置好的机械来执行。即便是需要人来监督和判断的事务，他们也可以让一个思维来操纵多个身体，以此来处理不占太多计算量的工作。
这些话对札没有什么复杂。他能理解，只是无从想象。在医师所描述的那种古怪的生活里，似乎从未提起过娱乐，休息，同朋友往来，或是任何与工作无关的事。那倒是与他所认识的过去的医师很相似。可那是一种值得过的生活吗？札困惑而谨慎地询问。如果他们没有任何享乐的时光，或是自己的父母与子女，他们如何忍受这无休无止的劳作？
那时，医师无言而冰冷地微笑。他从未回答这一问题。
来提一提天空。医师用另一个话题取代了旧的。在某些地方，大地是无光的，而天空却周期性地在光与暗中交替。人们不必自己划分休息时段，而在天空照亮大地的时候劳作，天空黑暗的时候休息。
但是黑石之地的天空也是永恒黑暗的。大地是无光的石头，天空则是闪烁着无数光点的黑暗。那些光点不足以照亮地面，可是却很迷人：就像针眼大小的晶振石铺洒在染黑的长布上，再用各色宝石磨成的粉沙到处涂抹。居住在石塔内的一些人对此完全不感兴趣，可是另一些却喜欢看这样的天空。
医师自己，是喜欢看天空的人中的一员。他们会在工作中断的时间里思考，寻找对那天空的解释——是的，天空为何如此是需要解释的，就像札所相信的黑天，任何古往今来便存在的现象都是基础层问题。解释的方式有很多种，如不经过实验，他们永远也无法知道哪一种是对的。为了知道答案，他们付出了许多努力，最后却功亏一篑。失败的后果是严重的，因此最后医师离开了那些黑塔，就像其他寻求解释的人一样。
在离开的人中动机也是不同的。他们几乎没有什么头领，也没有特别亲密的个人往来。有一些人只是迫于压力，另一些则是仍在寻找。他们仍然相信答案是可以被获知的，只是不在那黑塔林立的地方。但是医师自己和其他人的理由都不相同，他是为了寻求一样失落的东西而来的。
什么样的事物？札问。
他能在很多年后将这件事详细地、从头到尾地叙述给旁人。他记得如此深刻，因为在他一生中只见过两次那样的景象。在搜集者头领那宏伟瑰壮的飞船外，在映照天上深渊的，如镜般平滑的幽蓝大地上，医师如一具空壳呆立，泪水从木然的脸上不停滑落。那是札最后一次看到医师哭泣。