田齐手下两方人马齐聚东莱，田齐连日召集沮授、苏双、颜雨、何丰、曹性、齐盛等四部主要官员，商议各部运作方式和彼此之间的联系机制，商讨各部、各司人员名单。将军府各部、各司、各曹主官各就其位，田齐制定的诸多政策终于顺利实施了起来。
沮授任军务部部长兼参谋司司长；高顺为训练司司长兼陷阵军府千户；魏风任军令司司长兼长林军府千户；何丰任装备司司长兼匠营千户。赵云、童飞、童猛、典韦、江成等府军千户皆兼任参谋司参谋，在战时负责协助沮授制定作战计划。
沮授征调各军府文职军官，迅速将军务部架构搭建了起来，并命魏风的长林军负责军务部护卫事宜。
高顺将四千丹阳兵打散分配至各千户府，组织各千户府进行军衔评定和作战训练。
何丰派手下各百户分赴莱州、青州各郡县，征集各地工匠，组建匠营千户府，开始建设军械工坊，生产兵器、甲胄，并组建府军护卫。
魏风将长林军一分为二，其中一部负责平时营地内卫，战时出征，另一部以队为单位派至各千户府，由督伯率领，负责维护各府军军纪、军法。
苏双任政务部部长兼户部分司司长；曹性任兵部分司司长、吏部分司司长兼锦衣卫千户；齐盛任礼部分司、刑部分司司长；谷琪任农部分司司长，负责管理各千户府农事；谷浩任畜牧分司司长，负责各千户府组建军马场；吕承任商务司司长；刘英任刑部分司副司长，组建警务千户府，负责案件侦破和治安维护；何丰兼任工部分司司长。
田齐还任命齐盛任法制部部长，同时兼任检察分司司长，组建法务学校，培训法官、检察官。任命童渊为科教部部长，颜雨、高顺为副部长，负责构建教育体系，管理教师，制定科研课题。
田齐在东莱发布征军令，征集水手并家眷两千户，补入童飞和江成的水军千户府。同时令童飞、江成自行组建造船厂，打造战船。
田齐依据后世经验，革新政治、军事体制，各部各司各曹主官无经验可循，只能摸着石头过河，不断试错纠错。田齐每天忙于理顺各部、各司杂务，片刻不得轻闲。
直到一个月后，各部各司的运转才渐渐步入正轨，结束了纷乱局面。田齐终于脱身出来，有了时间关注各千户府的训练，有了精力来考虑出海行商事宜。
田齐首先来到他的亲卫千户府鹰扬卫查看训练备战情况。鹰扬卫大部老兵由田岳率领留守塞外，田齐令甘宁、魏延在丹阳兵中遴选军士两曲，组建了新的鹰扬卫，改田岳的老鹰扬卫为天狼军。
得知田齐到来，甘宁、魏延出寨门迎候。田齐在营寨前下马，甘宁、魏延上前行礼。在高顺组织的军衔评定中，他们两人在所有军士里并列第一，被田齐授予上校军衔，正式进入鹰扬卫，升任了千户校尉。田齐命魏延为首，负责训练和管理鹰扬卫。
甘宁和魏延陪同田齐入营，一路上简单向田齐介绍了鹰扬卫的训练情况。田齐一路听着甘宁、魏延汇报，慢慢走入中军大帐。田齐挥手令魏延、甘宁入座，轻声询问魏延：“你刚才说打算按吴起训练魏武卒的办法来训练鹰扬卫？武卒训练之法不是早就失传了吗？”
魏延摇头笑道：“具体训练办法确实早已失传，但我和兴霸商议多日，依据主公提供的《兵技巧》残篇，重新拟定了一个训练方案，应该也能达到武卒的训练效果。”
田齐大感兴趣，连忙问道：“具体如何训练？”
魏延递上一本书册给田齐说道：“这是我和兴霸拟定的训练手册，大致分为四个部分：力量、速度、敏捷、耐力。”
田齐大致看了看训练手册，感觉里面的训练方法有些像培养特种兵，不由笑道：“府中军士多为新招来的丁壮，你们如此大运动量的训练，他们可吃得消，可有怨言？现在训练到了哪一步？效果如何？”
魏延和甘宁叹息一声，轻轻摇头。鹰扬卫新招的这些军士，都是两人精挑细选出来的，体能倒算不错，但就是太“笨”了一些。仅一个队列训练，就拖拖拉拉，练了一个月。按此进度，如果要完成他们制定的这本训练手册，非要三年不可。
魏延尴尬一笑，轻轻摇头，“目前只进行了队列训练和跑动拉练，进度颇慢。他虽然桀骜，但在田齐面前还能够保持谨慎恭敬的态度。
甘宁却是直爽，对田齐报怨道：“只因主公不许我等校尉责打军士，所以训练进度太慢。请主公许我责打之权，我保证三个月就令他们完成所有训练内容。”
田齐轻轻摇头，对甘宁说道：“你这火暴脾气要改一改，不要轻言责打。府中军士都是你们的乡邻手足，情同兄弟，岂能责打？”
甘宁反驳道：“我亲兄弟也没少受我责打。这些家伙太笨，不打不开窍，不打就偷懒。”
田齐也不与甘宁争辩，指着手册说道：“我看是你们的训练手册不够细致。一个队列训练计划，只寥寥数十字，照搬了高司马所定步兵操典，并未细化训练步骤，岂能不慢？”
魏延向田齐说道：“我们训练了一个月，队列训练还是不达标，高司马不准我们进行下一步的训练。我们鹰扬卫老兵太少，训练进度远远落后其他各府卫，请主公与高司马说说情，允许我们一边继续进行队列训练，一边开始其他训练内容。
甘宁不服气的说道：“队列训练不过是些花架子，都是些行走站立的口令，谁人不会？如何细化？”
田齐转身叫过田虎和田贲，命令道：“你们给甘校尉做个样子。”
田虎应诺，与田贲带一什亲卫并立，依次下达“立正、稍息、向前看，起步走，向左转、向右转等队列操练口令，并一丝不苟的做了动作示范。
田虎、田贲等人的队列动作有如行云流水，整齐划一，但甘宁、魏延还是有些不以为然。