神秘组织被成功瓦解后，东京的人们沉浸在一片喜悦之中，然而柯南他们却没有丝毫的放松。因为在对神秘组织的调查和清理过程中，他们发现了一些令人不安的线索，似乎指向了一个更为庞大和复杂的阴谋。
柯南坐在房间里，面前的桌子上摆满了各种文件和资料。他的目光专注而深邃，大脑在飞速地运转着。
“林羽，你说这个神秘组织背后会不会还有更大的势力在操控？”柯南问道。
林羽推了推眼镜，说道：“我也有这样的怀疑，从我们掌握的信息来看，他们的一些技术和资源远远超出了一个普通组织的能力范围。”
灰原哀走过来，手里拿着一份新的分析报告。“我对从神秘组织那里获取的样本进行了更深入的研究，发现其中的一些成分和技术与国际上一些非法研究机构的成果相似。”
这个发现让大家的心情更加沉重。
就在这时，毛利兰走了进来。“柯南，你们已经忙了很久了，休息一下吧。”
柯南摇了摇头。“小兰姐姐，现在还不是休息的时候，我们必须尽快找出真相。”
毛利小五郎也跟着走进来。“小鬼们，别太拼命了，有我这个名侦探在，没什么解决不了的。”
虽然毛利小五郎这么说，但大家都知道，这次的情况比以往任何一次都要复杂和危险。
经过一番商讨，柯南他们决定扩大调查范围，与国际刑警组织合作。
在与国际刑警组织的交流中，他们得知了一些令人震惊的消息。原来，在世界各地都出现了类似的神秘组织活动，而且似乎有着共同的目的。
“这难道是一场全球性的阴谋？”林羽惊讶地说道。
柯南沉思片刻，说道：“很有可能，我们必须尽快找到他们的联系和共同点。”
在接下来的日子里，柯南他们四处奔波，收集线索，分析数据。
一天，柯南在一本旧书中发现了一个隐藏的符号，这个符号与他们在神秘组织的资料中看到的某些图案相似。
“这个符号可能是关键。”柯南说道。
经过深入研究，他们发现这个符号与一个古老的秘密组织有关，这个组织曾经试图控制世界。
“难道神秘组织是这个古老组织的延续？”灰原哀说道。
为了寻找更多的证据，柯南他们踏上了寻找古老组织遗迹的征程。
他们来到了一个偏僻的山区，在那里发现了一座废弃的城堡。城堡里充满了各种机关和谜题。
“大家小心。”柯南提醒道。
他们小心翼翼地在城堡里探索着，终于在一个地下室里找到了一些重要的文件和物品。
“这些东西也许能解开所有的谜团。”林羽说道。
然而，就在他们准备离开的时候，城堡突然发生了坍塌。
“快跑！”柯南喊道。
他们在废墟中拼命地奔跑着，躲避着掉落的石块。
最终，他们成功逃出了城堡，但也受了一些伤。
回到东京后，他们对在城堡中获得的资料进行了深入研究，逐渐揭开了这个巨大阴谋的面纱。
原来，这个古老的秘密组织一直在暗中操纵着世界的局势，他们利用各种手段培养和扶持神秘组织，试图实现他们统治世界的野心。
“我们一定要阻止他们！”柯南握紧了拳头说道。
面对如此巨大的挑战，柯南他们毫不退缩，准备迎接最后的决战……