神秘组织被彻底瓦解后，城市似乎又回到了往日的宁静。然而，柯南等人的生活却并未因此而平静下来。
一天，柯南在学校里收到了一封神秘的信件。打开一看，信中的内容让他心头一紧。信上写着：“虽然组织已被摧毁，但还有残余势力隐藏在暗处，他们正在酝酿着新的阴谋。”
柯南立刻将这封信的事情告诉了毛利兰、林羽和灰原哀。
“难道这一切还没有结束？”毛利兰担忧地说道。
林羽皱起眉头：“看来我们不能掉以轻心。”
灰原哀冷静地分析：“我们必须尽快找出这些残余势力，阻止他们的计划。”
于是，柯南等人再次展开了调查。他们从神秘组织曾经的活动地点入手，四处寻找线索。
在调查的过程中，他们发现了一些奇怪的迹象。一些看似普通的商业交易背后，似乎隐藏着不可告人的秘密。
“这很有可能是残余势力在筹集资金。”柯南说道。
他们顺着这些线索继续追查，发现了一个废弃的工厂。
“这个地方很可疑，我们进去看看。”毛利兰说道。
当他们小心翼翼地走进工厂时，突然听到了一阵低沉的咆哮声。
“什么声音？”林羽警惕地看着四周。
只见一群凶猛的猎犬朝着他们冲了过来。
“快跑！”柯南喊道。
他们在工厂里四处逃窜，躲避着猎犬的追击。
毛利兰不小心摔倒了，柯南连忙回头拉起她。
“别管我，你们快走！”毛利兰喊道。
“不行，我们不会丢下你的！”柯南坚定地说道。
就在这时，林羽发现了一个可以藏身的房间，他们迅速躲了进去。
猎犬在门外不停地咆哮着，试图冲进来。
“我们得想办法摆脱它们。”灰原哀说道。
柯南观察了一下房间，发现了一个通风管道。
“我们可以从这里爬出去。”柯南说道。
他们顺着通风管道爬了出去，终于摆脱了猎犬的威胁。
然而，他们还没来得及松一口气，就发现自己又陷入了另一个危险之中。
工厂里突然出现了一群黑衣人，将他们团团围住。
“你们逃不掉了！”黑衣人喊道。
柯南等人毫不畏惧，与黑衣人展开了激烈的搏斗。
毛利兰的空手道发挥了巨大的作用，她一拳打倒一个黑衣人。
林羽则利用他的高科技装备，释放出电击，让黑衣人暂时失去了行动能力。
柯南和灰原哀相互配合，寻找着敌人的破绽。
经过一番苦战，他们终于击败了黑衣人。
“这些人应该就是神秘组织的残余势力。”柯南说道。
他们在工厂里继续搜索，发现了一些重要的文件和资料。
“这些可能是他们新阴谋的证据。”灰原哀说道。
带着这些证据，他们离开了工厂，准备交给警方。
但是，在半路上，他们遭到了残余势力的袭击。一辆汽车突然冲出来，挡住了他们的去路。
“把东西交出来！”车上的人喊道。
柯南等人迅速做出反应，与敌人展开了一场追逐战。
在激烈的追逐中，柯南发现了敌人的弱点。
“我们从这里拐进去，他们的车太大，进不去。”柯南说道。
他们成功地摆脱了敌人的追击，将证据安全地交给了警方。
警方根据这些证据，对神秘组织的残余势力展开了全面的抓捕行动。
在警方的努力下，大部分残余势力被抓获，城市的安全得到了保障。
“终于结束了。”毛利兰松了一口气。
林羽笑着说：“是啊，这次可以好好休息一下了。”
灰原哀却摇摇头：“也许还有新的挑战在等着我们。”
正如灰原哀所说，虽然这次的危机暂时解除了，但柯南等人知道，他们守护正义的道路还很长很长……