孔祥林和张满月的欣喜之情溢于言表，尽管两人很想腻在一起，但是张满月的时间却成了大问题。
由于孔祥林被扑棱蛾子神驱逐，月龄树的花朵已经开始凋谢，直至两人重逢，花朵也所剩无几，正是张满月心中记挂了千年还没有化解的坎——高清明背叛灭族事件。
早在解决十三号客人之前，孔祥林就和张满月约定好去寻找过去的真相，于是邀请了朴英秀和李美罗来饮用灵酒，诱发了前世的记忆。
月龄树下，张满月在孔祥林的陪伴下得知了过去的真相，而还存有力量的高清明也在张满月的呼唤下重现人形。
尽管高清明共赴阴间的邀请被张满月拒绝，但是张满月能够停留在阳间的时日也正式进入了倒数。
因为张满月的时日无几，崔瑞熙三鬼也慌了神，因为张满月对三人的执念很了解，孔祥林也依稀记得三鬼所牵挂的事。
孔祥林先是去寻顶替池贤仲身份存活的老人吴泰锡，让心地善良的池贤仲能够正式化解心中的怨恨——吴泰锡怀着杀害挚友的愧意，照顾了池贤仲的妹妹池贤美一辈子。
吴泰锡作为补偿，为池贤仲举办了一场迟到了七十年的毕业典礼，尽管观礼的几乎都是亡灵，但是池贤仲也很开心。
为池贤仲举办宴会时，拜托了具灿星，孔祥林这才知道，具灿星竟然和工作所在的集团会长的孙女郑智恩（崔雪莉客串）在一起了！
申又如在这四年间作为历史小说作者也算小有名气，再加上世界融合后古代的世界观也浮现在其记忆中，孔祥林便拜托申又如为金时翼写了一本自传正名。
崔瑞熙虽然没能等到仇人家族的灭绝，但是在窥探仇人时遇到了贾斗心，作为除鬼的女巫在见到崔瑞熙的面容时也不禁心中一颤——崔瑞熙和贾斗心的母亲长得一模一样。
和气氛紧张的贾斗心母女相处了一段时间，崔瑞熙也算明悟了内心，在池恩倬的哭泣中，魂归阴间。
因为张满月即将离开，所以麻姑神开始准备为新的月之客栈主人酿酒，但是缺少了重要的配料月灵花，孔祥林想起了之前在古代满月堂剩下的月灵花，和麻姑神交易，得到了张满月离开的确切时间。
“如果有来生，我想做一个普通人，平平淡淡的生活。”张满月靠在孔祥林怀中说道。
孔祥林打趣道：“如果你成为了普通人，那我就不好找你了，再说以你奢靡的性格，真的能做好普通人吗？”
两人打趣中，孔祥林才交代了自己和幼年满月及满月馆发生的三两事，张满月也没想到自己曾经报之以憾的救命恩人竟然是孔祥林。
至此，月龄树上最后一片花瓣也落了下来。
“如果有来生，我就做一个闪亮的明星吧，让你能一眼在人群中找到我。”张满月只留下了这么一句话，彻底消失了。
因为张满月的离去，孔祥林的任务也完成了，真正的获得了神秘屏障，不过在这个世界上停留的时间又重新进入了倒计时，如果想要留在这个世界，只能藏进神之庭院。
另一边，因为孔祥林阻止了金侁拔剑，所以池恩倬和金侁开心的生活了几天，但是因为朴中元已死，而鬼怪却还存在着，失去拔剑理由的池恩倬遭遇了各种各样的意外，在经历了崔瑞熙的离去后，金侁也终于下定了决心，为了能让池恩倬安稳地生活，在少女的哭泣中，强行拔出了胸口的宝剑。
当孔祥林得知了金侁的事后，十分恼怒，将矛头指向了扑棱蛾子神，因为神秘屏障的关系，扑棱蛾子神已经无法奈何孔祥林，最终，在金智恩的调和下，孔祥林和扑棱蛾子神进行了一场赌斗——赌注就是归于虚无世界的金侁能不能投胎。
赌斗的内容也很离奇，但是也很符合扑棱蛾子神的恶趣味，那就是在亡灵的干扰下，吴敏静能否得到幸福！
在金智恩和扑棱蛾子神的共同操作下，时间变得不正常的流逝，池恩倬高中时候的班长吴敏静学业有成，就业也还算顺利，最后在付出了极大的代价后，终于和自己喜欢的人成了家。
扑棱蛾子神在一位母亲的祈求下，短暂的让一个亡灵车宥利复生了，告知其只要能够找回属于自己的位置便能真正的复活！
而车宥利生前的丈夫，正是吴敏静的丈夫！
孔祥林这才惊觉，眼前这几人是那般眼熟，分明就是《你好再见，妈妈！》，最终借着对车宥利的了解，孔祥林在神之庭院中获得了赌斗的胜利，金侁也获得了在其他世界重新投胎的机会。
自觉已经做完了自己想做的事，孔祥林决定离开这个没有张满月的世界——因为张满月在这个世界滞留的时间太久，已经无法在这个世界投胎了。
离别之际，金智恩将时间的力量注入孔祥林体内的种子，得到时间权柄的种子快速生长，成为了一棵含着花苞的小树。
在孔祥林离开这个世界的同一时间，金智恩也心脏病复发，再次投入世界中其他祈祷的病人体内。
回到主世界的孔祥林，也没有过多的停留，体内的小树上含着的花苞是那么眼熟——月龄树上的花朵，是曾经藏在孔祥林心中的那只花枝，而这朵花则是能够当作寻找张满月的坐标的。
孔祥林利用特定穿梭，来到了一个新的世界，然而睁开眼就看到了白着眼珠张牙舞爪的张满月，从她胸前的工作牌得知，在这个世界中，她的名字叫做李志安！（新卷，釜山行：僵尸根源）
这是一个满目疮痍的世界，僵尸病毒横行，多亏了强健的身体，孔祥林的皮肤无法被僵尸咬破或者划破，不然开局就要被李志安感染了。
心中迷茫的孔祥林没有忍心杀掉李志安，带着李志安在这个僵尸世界游荡，从光屏任务中得知了这是《釜山行》的世界，但是李志安的存在让孔祥林明白，这个世界或许还有其他世界融合，但是全都泯灭在僵尸病毒中了。
在完成了光屏给予孔祥林拯救希望的任务（拯救《釜山行》车厢中的主要角色）后，尽管对这个世界上的孔地哲（石宇）有点失望，但是石宇的话也提点了孔祥林。
最终孔祥林将任务奖励中蕴含的世界力量注入到了获得时间权柄的小树中，逆转了时间，来到了僵尸病毒肆虐之前。
在这个不算安稳的世界中，认识了化名金无影的僵尸姜敏浩（出自《僵尸侦探》），经历了一段冒险之后才发现，僵尸病毒已经研发完成，孔祥林还是来晚了，但是还是得知僵尸病毒是从一颗陨石上获取的组织研究得出。
凭借之前僵尸李志安胸前的工作牌以及花苞中隐隐的联系，孔祥林去找了还作为人类生活的李志安，目睹了其生活的贫苦，这才明白，张满月之前所说的普通人的平淡生活竟然成真了，只不过实在太苦了点。
孔祥林还是决定逆转时间，并且下定了决心，哪怕无法解决僵尸病毒，也要好好照顾李志安，但是没想到的事情发生了。（新卷，窥探：罪恶都市）
这一次的逆转时间，有点过了头，不但追溯到了二十年前，就连孔祥林自己的身体，也向前追溯了，变成了小孩模样。
在这个世界中，孔祥林借着自己没有失去的力量和背包中小小的本钱慢慢发展，不经意间也发现了这个世界的南岛一直在进行着各种奇奇怪怪的科研，顿时就觉得二十年后研发出僵尸病毒毁灭了人类社会也不足为奇了。
而在这个世界的生活中，孔祥林也发现这个世界融合了许多奇奇怪怪的世界，比如《魔女》、《窥探》、《恶之花》之类的，总之是个罪恶频发的世界。
尽管不是很想出头，但是特殊的力量还是让孔祥林在这个世界崭露头角，尽管孔祥林也知道，那些恐怖科研组织，都是南岛大佬们暗中操纵的，可是为了能够在这个世界生存，阻止僵尸病毒的出现，还是走上了和那些科研组织背道相驰的路，在其中的挣扎中也得到了一些队友——具子允（《魔女》）、贵公子（《魔女》）、郑巴凛（《窥探》）、成耀汉（《窥探》）、都贤秀（《恶之花》男主）。
因为孔祥林此行时间较早，直接救出了《魔女》组织中的孩子们，以及被大佬们监控着的郑巴凛和成耀汉，在这些有着强大能力的孩子们的帮助下，孔祥林后来也陆续救下了一些可怜人，而处于人格塑造期的几人，也在孔祥林幼小体型下成熟的思想所影响，没有走上原本的轨迹。
就这么在多方势力的觊觎下，孔祥林几人慢慢生活着，直到某一天，一颗陨石天降，浓雾和怪物频出（《黑洞》）。
孔祥林知道，自己阻止僵尸病毒诞生的时机到了。
解决了怪物和销毁了陨石后，孔祥林却意外的发现了城市边缘的绿色家园公寓。
孔祥林遍体生寒，却也无法阻止世界的进程，尽管一直在调查，却还是绝望的发现，陨石中携带的绝不止僵尸病毒那么简单。
经过了长时间的猎杀和研究，孔祥林却只能无奈的放弃，整个世界的走向，都奔向了《甜蜜家园》，甚至孔祥林还在绿色家园附近的高校中找到了尹智秀。
孔祥林蓦然发现，自己阻止了僵尸病毒的蔓延，却让这个世界走向了另一个极端——同样是怪物肆虐的世界。
而不久后的光屏更是证实了这一点，因为同一时间上不能同时存在两个相同的人，所以当孔祥林第一次穿梭异世界的时间一到，前来改变历史进程的孔祥林也没有神之庭院可以躲避，只能离开这个世界了。
重新回到主世界的孔祥林陷入了深深的困惑，时间上的闭环也让孔祥林无法理解，但是亲友们的关怀让孔祥林重新振作。（新卷，终幕：世界隐秘）
重新振作的孔祥林却发现自己的学生少了几人，和之前离奇消失的律帝医院还有吴妍珠几人如出一辙，自觉有些实力的孔祥林决心解决这个问题，追寻了许久，最终的答案竟然指向了这个世界中孔祥林最大的背景，孔家。
在这个庞大家族中调查了不多久，孔祥林就见到了一切的幕后黑手，或许是对方决定来找的孔祥林。
让孔祥林无法接受的是，对方也是孔祥林！
据对面的幕后黑手介绍，孔祥林才得知了自己的过往，原来幕后黑手才是真正的穿越者，在世界力量凝聚的光屏找到他之后，穿越者孔祥林也经历了许多世界的穿梭，但是在一次次的穿梭中，穿越者孔祥林获得了成为神的资格。
力量至上的穿越者孔祥林毫不犹豫的成为了神，但是成为神的后果却是无法自由的穿梭世界，甚至光屏也要离他而去。
穿越者孔祥林在自己停留的世界中寻找着机会，慢慢发展出了孔氏家族，最后找到了跟自己无比相似的孩子，正是主角孔祥林。
穿越者孔祥林将自己部分记忆注入到主角孔祥林体内，光屏也转交过去，自此，孔祥林成为了主角，穿梭世界。
猛然接受到大量信息，孔祥林也茫然了，但是穿越者孔祥林告知，世界的消逝并非自己所为，而是因为一个个虚无的世界没了支撑，所以才会消失的，甚至之前孔祥林遭遇的世界融合也是如此，而最适合成为世界支撑的，竟然是孔祥林体内的那棵小树。
得到了答案的孔祥林离开了，付出无数资源和代价，最终扎根在孔祥林体内的小树是穿越者孔祥林所需的，但是明显强了不止一等的穿越者孔祥林并没有强抢，而是让孔祥林自己考虑。
这时，孔祥林才想起，金智恩所说的成神的资质恐怕就在于此，同时也想起在上个世界因为想要阻止僵尸病毒的爆发，自己反而忘记了最初找到张满月的心愿。
不过，主世界中前来看望孔祥林的辛蒂和孔祥林体内小树的花苞产生了共鸣，孔祥林这才惊觉，张满月、李志安、辛蒂三人的联系绝不是长相一样那么简单，张满月最终的愿望，一个个都实现了。
孔祥林想明白了一切，下定了决心，在穿越者孔祥林的帮助下，孔祥林体内的小树被剥离出来，将光屏和两人体内的神秘力量化作大量世界力量，催生了小树，成为了支撑世界的支柱。
自此，孔祥林失去了一切，只剩下了在人类中最强健的身体，回归平凡。（新卷，番外：与辛蒂的三两事）
番外是孔祥林和辛蒂的爱情故事。